Имеете, 5го ноября летел по данному маршруту. Главное иметь распечатку билета в 3ю страну. Правда меня конечно спросили про визу, я ответил отрицательно, после чего шлепнули транзитную.

Дело не в авиакомпаниях, а в странах.

Если Вы вылетаете по маршруту: Россия-Сингапур-Индонезия, то можно. А если Индонезия-Сингапур-Индонезия, то нельзя.

Без визы в Сингапуре можно находиться 96 часов не только при наличии обратного билета.
Для этого вы должны влетать в Сингапур из одной страны, а улетать в другую - это называется транзитом, и только имея на руках имено такие билеты вы можете получить нужные вам 96 часов безвизового нахождения в Сингапуре.
И нужна бронь отеля на всё время пребывания в Сингапуре.
Ещё ваш загранпаспорт действителен как минимум полгода с даты выезда из Сингапура.
И ещё при въезде у вас могут попросить показать наличные деньги, их должно быть не менее 80 американских долларов в день на человека.
96 часов отсчитываются со времени въезда в страну до времени выезда. То есть не должно быть больше ни на одну минуту.

Если для получения визы нужна бронь отеля, то вы легко и просто можете забронировать отель без оплаты.
А после получения визы также легко и просто отменить эту бронь.

Что за организация "Вас"? И почем билеты в отель?