Вообще-то все зависит от Вашего желания и опыта поездок по Европе:если он есть, то лучше, конечно взять машину на прокат-интереснее, можно где хочешь остановиться, посмотреть, поехать дальше, ночевать в маленьких семейных отелях по пути.
А если нет опыта, то проще путешествовать на поезде - сообщение в Нидерландах отличное, поезда очень удобные, комфортные и относительности стоимости проезда на общественном транспорте в Амстердаме-дешевые, в Бельгии на жел.дор. транспорте меньше порядка.
С расписанием поездов и стоимостью проезда по Нидерландам можно ознакомиться на сайте
www.ns.nl , для поездок за пределами Нидерландов, например в Бельгию -
http://www.nshispeed.nl/
Стоимость проезда на поезде от Амстердама до Брюсселя зависит от времени поездки-бывает очень много различных скидок в зависмости от времени года и детских каникул.
Совет - лучше всего идти на Центральный ж/д вокзал в Амстердаме (или в ж/д кассах в Схипхоле) и там покупать билеты в Брюссель-кассиры всегда предложат Вам более дешевый вариант.