Смотрите, если Вы планируете взять машину в Берлине напрокат, то этот маршрут будет минимум 4 тыс км. Расходы будут зависеть от времени проката, допустим 10 дней, возможны разные варианты, думаю от 300-350 евро как минимум. По собственному опыту, на такой маршрут Вы минимум потратите примерно 300 л бензина (дизель дешевле и расход меньше) в среднем х1,3 евро/л около 400 евро. Полагаю это будет, что называется, базовая сумма расходов. Плюс расходы на платные дороги в Чехии, Австрии, Франции...
Про ЖД ничего не скажу, не имею информации. Советую поискать и узнать самостоятельно.
Опять же по опыту: одному/одной дешевле на общественном транспорте, вдвоем уже почти близкие расходы, но значительно больше комфорта - не надо подстраиваться под расписание, пересадки и т.д. Втроем-вчетвером - есть шанс получить экономию по сравнению с ЖД или автобусами.
Так что Вам решать.
Удачной поездки!

Имейте ввиду и популярные нынче автобусы.
Удобства (бесплатный и-нет, кофе) само-собой и более низкая цена заставляют как-минимум посчитать.

http://www.checkmybus.de/

К расходам на авто добавьте стоянки.
И такую мелочь, например, что с автобанов ничего не видно.
Соответственно автомобиль в этом смвсле не имеет предпочтений.

самый-пресамый экономный, скорее всего, будет перемещение на автобусах: посмотрите www.eurolines.com и www.megabus.com
также просмотрите лоу-кост компании (авиа) на средние расстояния - иногда предлагают очень хорошие тарифы внутри Европы: GermanWings, AirBerlin, Flyniki, WizzAir, easyJet (у последней точно есть Париж-Берлин).

в общем и целом: у Вас в списке довольно крупные города, которые очень хорошо связаны между собой транспортом на любой вкус. машину, на мой взгляд, стоит взять, если хотите посмотреть что-то особенное между этими городами, куда редко ходят (или вообще не ходят) автобусы/поезда...

Я путешествовал только на жд и вполне доволен, так что думаю, аренда авто будет намного дороже да и проблемней.

во многих странах если заранее покупать билеты (и на жд и на автобусы) получается дешевле
на мой взгляд самый дешевый вариант передвижения это автобусы. также как и предыдущий рекомендую eurolines. megabus и flixbus
конечно, тут еще зависит от маршрута. если вы планируете ездить по крупным туристическим местам это одно, а если по маленьким деревенькам, то туда надо будет ехать на перекладных и помимо денег еще и немало времени затратить придется.
ну и от количества человек зависит, если едете впятером дешевле на машине получится

Соблюдайте правила дорожного движения, паркуйтесь правильно - не будет штрафов.

Не понятно от кого ожидаете развод?
На таможне и для сотрудников дорожных инспекций важно, чтобы у вас были законные основания управлять данным автомобилем.
Права нужны международного образца.
Обязательно страховка, можно сделать на подъезде к границе с Беларусью. Возможно, вас обязуют ее сделать при аренде авто.
Если не нарушаете, обычно в Европе не останавливают.

Из вопроса не совсем понятно, где вы хотите арендовать автомобиль. В Москве, а потом на нем поехать через границу? Сомневаюсь, что такую возможность вам предоставит хотя бы одна прокатная контора.

Насколько я понял речь идет об аренде авто с водителем. Да действительно возможность "попасть" есть, особенно если ни разу не путешествовали на автомобиле. У нас эта услуга рассчитывается до начала поездки. Наша услуга такси в ЕвропуТрипбус (здесь ссылки нельзя публиковать) это как раз то что вы спрашиваете. Также стоит обратить внимание на водителя и его документы (как часто ездит, есть ли нарушения и т.д.). Выгодной такая поездка становится если вы путешествуете компанией больше 4-х человек (простой расчет стоимости билетов на самолет) показывает выгоду. Преимуществ очень много на самом деле, звоните все расскажем.

Самый простой адрес это camping.de
Или наберите в поисковике campingplatze deutschland

Автомобильный навигатор знает про кемпинги почти всё

А почему, если не секрет через Польшу не хотите? Уже прошлым летом было всего несколько недоделанных участков дороги, ехать уже было достаточно комфортно. В этом году обещали скоростную трассу доделать. Но что по факту из этого вышло смогу сказать в июне, когда сами поедем. В прошлом году Польшу от края до края легко одним днем преодолели особо не напрягаясь.

Я часто езжу из Берлина в Питер через Финляндию. Всё очень приятно, очень легко, но... очень недёшево. Цены меняются каждый месяц, в зависимости от сезона.
Билеты посмотрите на сайте https://parom.de/helsinki-travemunde
Выгоднее всего брать билеты, если вас 3-4 человека на одной машине, тогда покупаете пакет и 3 и 4 пассажир получаются бесплатно. При покупке туда-обратно, скидка 20% на билет обратно. И так далее...
На пароме классно. Есть сауна (бесплатная) бары, магазины, кино. И даже WiFi, правда не очень стабильный. Машина внизу, вы на верхних палубах. А вот еду лучше взять с собой, и сделать пикник в каюте. Там очень дорого.

Ехать через Польшу намного дешевле. Но... дольше. Хотя в самой Польше великолепный автобан и всё совершенно безопасно. Заправки даже лучше, чем в Германии, кофе отличный, можно пообедать вкусно и дёшево, все вежливые. Проблема - очередь на границе. Можно попасть на 10 часов ожидания. Но... бывает и за 1-2 часа проскочите. В Финляндии как правило очередей нет.
Выбирайте, считайте, решайте.
Счастливого пути!

А маршрут очевиден. Москва - Питер - граница - Хельсинки - Травемюнде - Гамбург.
Кстати, порт немного не доезжая Хельсинки. Прямо с автобана выезд на порт.